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# Hierarchical Clustering Dendrogram
# Import Excel Dataset
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# Clear workspace
rm(list = ls())

# Load package
library(readxl)

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# Import Excel File
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bio_data <- read_excel(file.choose())

head(bio_data)


# View data
View(bio_data)

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# Set Sample Names as Row Names
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bio_df <- as.data.frame(bio_data)

rownames(bio_df) <- bio_df$Sample

bio_df$Sample <- NULL

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# Standardize Data
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bio_scaled <- scale(bio_df)

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# Calculate Distance Matrix
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dist_matrix <- dist(
  bio_scaled,
  method = "euclidean"
)

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# Hierarchical Clustering
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hc <- hclust(
  dist_matrix,
  method = "complete"
)

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# Plot Dendrogram
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plot(
  hc,
  main = "Cluster Dendrogram",
  xlab = "",
  sub = "",
  ylab = "Height",
  hang = -1,
  cex = 1
)

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# Draw Cluster Boxes (Optional)
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rect.hclust(
  hc,
  k = 4,
  border = c("red","blue","green","purple")
)